Русский.
В рядах РККА с 8.1922 г. Поступил в Петроградскую КВИШ. Курсант.
8.1925 – окончил Ленинградскую КВИШ с КУКС. Краском.
8.1925 – командир взвода, помощник командира роты по политической части 9 Кавказского сп.
11.1926 – командир взвода 10 гаубичной батареи легкого артполка.
2.1927 – командир саперно-маскировочного взвода 6 Кавказского сп.
9.1931 – поступил в ВИА КА.
4.1936 – окончил ВИА им. В.В. Куйбышева. Военный инженер. Направлен для прохождения службы в ВМФ. Служил на Балтийском флоте.
4.1936 – начальник УВСР № 548.
3.1938 – начальник площадки Строительства № 40 Строительного отдела.
5.1939 – НИС Южного УР Управления к-та Береговой обороны. Капитан.
Участник Великой Отечественной войны.
В Действующей армии (1941-43).
«Война застала гарнизон архипелага в полной боевой готовности… Пока шли бои на территории Латвии и Эстонии, а в районе Моонзунда находились наши корабли, противник активных действий не предпринимал, ограничиваясь эпизодическими бомбардировками батарей и кораблей в районе Касарского плеса. Пользуясь этим, гарнизон, привлекая местное население (кроме Осмуссара, где населения не было), продолжал строить и монтировать батареи, долговременные и деревоземляные огневые точки. Доты и дзоты строили по всему побережью. Руководил работами начальник инженерной службы района … Сергей Сергеевич Навагин, скромный, знающий дело командир».
12.1941 – инженер-фортификатор инженерной службы Военно-морской крепости Кронштадт.
Награжден орденом Красной Звезды (1941).
5.1942 – начальник отделения Отдела инженерной службы Кронштадтской ВМБ.
10.1942 – начальник части подготовки инженерно-дорожных и строительных частей инженерного отдела БФ.
11.1942-12.1943 – состоял в распоряжении Ленинградского фронта.
«Начальник инженерной службы Береговой обороны Балтийского района майор Сергей Сергеевич Навагин и начальник особого отдела старший политрук Михаил Петрович Павловский на «тузике» в бурную штормовую ночь ушли с острова Хиума. Им посчастливилось: в море их подобрал катер МО и доставил в Ханко».
Награжден медалью «За оборону Ленинграда» (1943).
12.1943 – начальник 3 отделения 2 отдела Инженерного управления ВМФ. Подполковник. Член ВКП(б).
Достоин выдвижения на должность начальника отделения. За выслугу лет (на 7.11.1944 – 22 г. 2 мес.) и боевые отличия начальником 4 отдела ИУ ВМФ полковником Т.Н. Решетовым представлен (6.9.1944) и награжден орденом Красного Знамени (Указ Президиума ВС СССР от 3.11.1944 г.).
8.1944 – начальник 1 Школы сержантского состава инженерных частей БФ.
Полковник-инженер.
…
«Полковник в отставке Сергей Сергеевич Навагин жил в Таллинне; …».
Женат.